Manual de uso do Cluster Manager Order.

$ = linha comando

Primeiro acesso ou quando precisar alterar o seu cadastro:

Cadastrar ou alterar nome e endereço de e-mail para receber uma notificação quando o processo acabar.

$ coRegister.sh

Opções para cálculo e banda:

NÃO alterar o nome do arquivo ou mover para outro local após colocar na fila, o processo não será executado.

Colocando um cálculo na fila:

$ python2.7 /usr/local/bin/coInputCalc.pyc -process calc -type crystal14p -file /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.inp -copy "fort.11 fort.12 fort.19 *.DAT"

-process calc : processo do tipo calculo
-type crystal14p : versão do crystal, pode ser usado: crystalX
-file : caminho completo para o arquivo input como mostra o exemplo.
-copy : copia os arquivos quando acabar o calculo. Pode ser usado *.DAT para copiar todos os DAT

Após colocar o cálculo na fila, será criado um arquivo .key, /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.key
Dentro desse arquivo tem a chave para outras ações do processo que será mostrado.

Arquivos de saida:
ZnS-bulk.key
ZnS-bulk.log
ZnS-bulk.out
ZnS-bulk.ERROR
ZnS-bulk.fort.9
ZnS-bulk.fort.25
e arquivos que foram declarados no parâmetro -copy

Status do meu calculo:

$ python2.7 /usr/local/bin/coManager.pyc -key 0321

Status da fila e calculos rodando:

$ python2.7 /usr/local/bin/coStatus.pyc -all yes

Colocando um arquivo banda na fila:

$ python2.7 /usr/local/bin/coInputCalc.pyc -process band -type crystal14p -file /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.band

-process band : processo do tipo banda
-type crystal14p: versão do crytal, pode ser usado: crystal14p
-file : caminho completo para o arquivo input como mostra o exemplo.

Após colocar o cálculo na fila, será criado um arquivo .key, /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.key
Dentro desse arquivo tem a chave para outras ações do processo que será mostrado.

Executando Crysta14 Paralelo em linha de comando

Verificar se existe:

Rodando mpirun na linha de comando:

cd /pasta-calculo
copiar arquivo FILE.inp para INPUT
$ cp file.inp INPUT

# export library and bin
$ export PATH="$PATH:/opt/openmpi/bin"
$ export LD_LIBRARY_PATH="/opt/openmpi/lib"

# total of processors
$ PROC=$(nproc)

$ /opt/openmpi-1.6.3/bin/mpirun -np $PROC --host $HOSTNAME /usr/local/cluster/crystal14p/Pcrystal 1>ERROR 2>OUT

Colocando vários arquivos BAND, DOS ou BWID na fila:

$ python2.7 /usr/local/bin/coInputCalc.pyc -process band -type crystal14p
-file "/home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.(band|dos|bwid), /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.(band|dos|bwid), /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.(band|dos|bwid), ... "

-file Importante! Obrigatório abrir e fechar aspas duplas e arquivos separados por virgula, não utilize espaço em branco no nome do arquivo ou no caminho até ele.

-process band : processo do tipo BAND, DOS ou BWID
-type crystal14p : versão do crytal, pode ser usado: crystal14p
-file : caminho completo para o arquivo input como mostra o exemplo.

Após colocar o cálculo na fila, será criado um arquivo .key, /home/tiago/calcs/ZnS.bulk.3/ZnS-bulk.key
Dentro desse arquivo tem a chave para outras ações do processo que será mostrado.

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